Nach dem Tod von Bischof Graber übernahm der Regensburger Bischof Manfred Müller die Verantwortung über das Collegium Rudolphinum in Heiligenkreuz und nach dessen Rücktritt Bischof Dr. Gerhard Ludwig Müller. Im Jahre 2006 beschloss dieser, die Trägerschaft des Collegium Rudolphinum mit Ablauf des Studienjahres 2006/07 zu beenden. Seine Studenten werden nun im neugeschaffenen Priesterseminar „Studium Rudolphinum“ in Regensburg ausgebildet. Das Collegium Rudolphinum in Heiligenkreuz wird unter dem neuen Namen „Collegium Leopoldinum“ weiter geführt und die neue Trägerschaft ist dem Zisterzienser Abt von Heiligenkreuz übergeben.

Dank der Hilfe unserer Wohltäter können von uns heute viele arme Theologiestudenten unterstützt werden. So z.B. in Südamerika, Afrika und Ozeanien aber auch in China, dem Land mit einer grossen Zukunft für unsere Kirche.
Damit wir unseren Status als gemeinnützige Stiftung vom Staat her zugesprochen erhalten, investieren wir auch jedes Jahr einen Teil unserer finanziellen Hilfe in ausgewählte, soziale Projekte. Davon profitieren Waisen und Strassenkinder aber auch Witwen und armutsbetroffene Familien in den ärmsten Ländern der Welt. Diese erhalten aber nicht nur einfach finanzielle Mittel, sondern werden betreut von Personen oder Organisationen, zu welchen wir regelmässig den Kontakt pflegen.

Unsere Hilfe soll auch in Zukunft erhalten bleiben. Die Unterschiede zwischen Arm und Reich werden immer grösser und es ist bezeichnend, dass besonders aus armen Familien und Ländern recht zahlreicher Priester‑ und Ordensnachwuchs hervorgeht. Wir gehören zu den reichen Ländern der Welt und tragen die grosse Verantwortung mit, dass die Quelle der Berufungen nicht versiegt und dass jeder Mann, wo immer er auch lebt und diese Berufung verspürt, die notwendigen Mittel für seine Ausbildung erhalten kann.